OneScience Examples

欢迎来到 OneScience Examples 仓库！本仓库汇集了多种前沿人工智能/机器学习模型的示例代码、训练脚本和推理流程，涵盖蛋白质结构预测、分子动力学、计算流体力学、天气预报等多个领域。

项目简介

OneScience Examples 是 OneScience 官方维护的模型示例仓库，旨在为研究人员和开发者提供开箱即用的 AI/ML 模型解决方案。每个子项目都包含了完整的运行环境配置、数据准备脚本、训练/推理代码以及详细的使用文档。

可用模型

本仓库目前支持以下模型类别：

🧬 生物科学

模型	描述
AlphaFold3	DeepMind 第三代蛋白质结构预测模型
AlphaGenome	DNA 序列分析与变异评分模型
ESM	ESMFold 蛋白质结构预测
Evo2	大规模基因组基础模型
MatRIS	材料发现与结构预测
OpenFold	开源蛋白质结构预测
PINNsformer	物理-informed 神经网络
Protenix	蛋白质结构预测模型
ProteinMPNN	蛋白质序列设计
RFdiffusion	蛋白质反向折叠扩散模型
SimpleFold	轻量级蛋白质结构预测
UMA	统一分子架构

🧪 分子动力学

模型	描述
BENO	分子动力学模型
DeepMD	深度势能分子动力学
MACE	原子间势能模型
NEP	神经网络原子势能

🌤️ 天气预报与气候

模型	描述
FourCastNet	图像天气预报模型
FuXi	气象预报模型
FengWu	气象预测模型
GraphCast	图神经网络天气预报
Pangu-Weather	盘古气象大模型
XiHe	气象预测模型

💧 计算流体力学 (CFD)

模型	描述
CFDBench	CFD 基准数据集
DeepCFD	深度学习 CFD 模型
EagleMeshTransformer	网格图神经网络
GP_for_TO	高斯过程优化
LagrangianMGN	拉格朗日图网络
MeshGraphNet	网格图神经网络

🎨 设计与生成

模型	描述
Transolver-Airfoil-Design	翼型设计
Transolver-Car-Design	汽车设计

📐 偏微分方程神经网络 (PDENN)

模型	描述
DeepONet	深度算子网络
FNO	傅里叶算子网络
MPNN	消息传递神经网络
PINN	物理-informed 神经网络
PINO	物理算子网络
UNO	统一算子网络
U-Net	U-Net
WAN	波自适应网络

快速开始

1. 环境准备

每个模型项目都有其特定的环境要求。请参考各模型目录下的 README.md 获取详细的环境安装指南。

通用依赖：

# 基础环境 (根据具体模型可能需要额外配置)
conda create -n onescience python=3.10
conda activate onescience
pip install torch torchvision

2. 下载模型和数据

大部分模型需要下载预训练权重和数据集。使用各模型目录下的下载脚本：

cd models/<MODEL_NAME>
bash download.sh

3. 运行示例

参考各模型 README.md 中的运行流程，一般流程包括：

1. 环境预检 - 验证运行环境
2. 数据准备 - 下载和解压数据
3. 运行推理 - 执行预测
4. 验证输出 - 检查结果

项目结构

onescience-examples/
├── datasets/              # 数据集相关文档
├── models/              # 模型代码
│   ├── AlphaFold3/      # 蛋白质结构预测
│   ├── FourCastNet/    # 天气预报
│   ├── DeepMD/         # 分子动力学
│   ├── GraphCast/      # 图神经网络天气
│   ├── PDENNEval/      # 偏微分方程网络
│   └── ...             # 其他模型
└── README.md           # 本文件

文档说明

每个模型项目包含以下标准文档：

• README.md - 项目说明、安装指南、使用教程
• manifest.yaml - 模型文件清单
• conf/ - 配置文件目录
• scripts/ - 辅助脚本目录
• train.py / inference.py - 训练/推理入口

贡献指南

欢迎提交 Issue 和 Pull Request 来改进本仓库：

1. 提交 Issue 报告问题或提出新模型需求
2. Fork 本仓库
3. 创建新分支进行修改
4. 提交 Pull Request

许可证

本仓库中的代码遵循各模型原始项目的许可证。具体请参考各模型目录下的 LICENSE 文件或 README.md 中的许可说明。

联系方式

• 官方网站：https://onescience.ai
• Gitee：https://gitee.com/onescience-ai
• GitHub：https://github.com/onescience-ai

致谢

感谢所有开源模型作者和 OneScience 团队的贡献。